喜羊羊携带而来的通讯器一直没有信号，为了和村长取得联络，喜羊羊要经过危险禁地——漩涡黑森林，这里菌迹罕至，一旦进入九死一生。但喜羊羊还是毅然出发，经过长途跋涉，在即将到达森林出口的时候，不幸遇上了神秘的细菌蛮族（黄牛），虽然喜羊羊逃脱出来，可是通讯器却落入了蛮族手中。灰太狼更成为他们的军师，造出许多控制细菌的控制器，一举消灭黑牛和白牛两个细菌王国，事成之后，那两国细菌是蛮族的粮食，而小羊则由灰太狼享用。 浩浩荡荡的蛮族细菌大军将他们两国包围得水泄不通，并扬言要将两国细菌都作为他们的食粮。两个国王都万万想不到，一向温顺、与世无争的蛮族细菌竟然就是引致这个世界病变的真正根源！ 正当灰太狼得意之时，没想到自己也给黄牛蛮族细菌大王吃掉。 喜羊羊为救众人，与黄牛开展生死大战，最后更牺牲救回小灰灰，令灰太狼答应以后再不吃一根羊毛。 最后，蜗牛终于回复了健康，小羊们和灰太狼夫妇也回到了草原上，但灰太狼却在庆功会上发难，并表示自己并没有违背誓约——一根羊毛也不吃，那可是剥了皮再吃！不料喜羊羊却早有准备，反制住了灰太狼。其他小羊愤怒地要把灰太狼消灭时，喜羊羊倒把他们放走——因为，世间万物自有他存在的道理，不能轻言消灭——青青草原上，羊和狼的欢乐故事还将永远继续！
